Prema optužnici koju je objavilo Tužilaštvo Bosne i Hercegovine na svojoj zvaničnoj stranici, Samardžija je optužen da je ”u okviru širokog i sistematičnog napada usmjerenog protiv civilnog stanovništva na području opštine Kotor Varoš, znajući za napad i svjestan da njegove radnje čine dio tog napada, te kao učesnik udruženog zločinačkog poduhvata (UZP), izvršio progon na nacionalnoj i vjerskoj osnovi zatvaranjem, mučenjem, silovanjem, drugim nečovječnim djelima, ubistvima, kao i deportacijom i prisilnim preseljenjem stanovništva”.
Takođe, na teret mu se stavlja da je progon počinio i protivpravnim, samovoljnim i vojnim potrebama, neopravdanim uništavanjem imovine u velikim razmjerama, kao i uništavanjem kulturnih, istorijskih i religijskih spomenika.
U optužnici se između ostalog navodi, da je Samardžija 13. juna 1992. iz policijske stanice u Kotor Varošu odveo dvije osobe u prostorije CSB-a u Banjoj Luci, gdje su bile ispitivane i pretučene, a potom ih vratio do zgrade zatvora iza zgrade suda u Kotor Varošu, gdje su zatim nezakonito držane i tučene nekoliko mjeseci. Takođe je učestvovao i u ispitivanju osoba lišenih slobode.
Optužnica obuhvata razaranje, pljačkanje i uništenje 16 džamija, katoličkih crkvi i drugih vjerskih objekata, među kojima su i objekti stari više stotina godina, koji predstavljaju kulturno-istorijske spomenike.
Državno tužilaštvo je ranije saopštilo kako krvicu optuženog planira dokazati saslušanjem više od 270 svjedoka i vještaka, kao i prilaganjem više stotina dokaznih materijala.